Am Joer 2065 ass d'Äerd am Zentrum vun engem Krich mat zousätzlechdimensionalen Auslänner genannt Nova. D'Arméi entwéckelt a trainéiert Pandoras, Duechtere déi kënne Gebrauch vu speziellen geneteschen Tissu genannt Stigmata (Seikon) maachen fir iwwerhuman Kampfwaffen Systemer a Fäegkeeten ze weisen. D'Ënnerstëtzung vun de Pandoras si männlech Partner genannt Limiters, déi besonnesch "Afréiere" Kräfte benotze fir hir Konkurrenz d'Fräiheet ze beschränken.
Jidd vun dësen Limiten ass Kazuya Aoi, deem seng spéider Schwëster eng Pandora war. Kazuya trëfft eng staark Pandora, Satellizer el Bridget, de Bäinumm déi onberéierbar Kinnigin, op hirem callous Stil an hirer extremer Aphephobie wärend se an der West Genetics Academy a Japan war. Trotz Warnunge vu senge Schoulkomerode fir sech vum Satellizer ze steieren, ass si vu Kazuya befreit, a freet hir Limiter ze sinn. De Satellizer zoustëmmt sech mat him ze verbannen, och wa se séier op e Concours a Léiftgeschäft mam Numm Rana Linchen fällt, dee mengt datt d'Kazuya hir Séil-Matein ass, nodeems se hir duerch verschidde Kämpf géint Fachhéichschoulgéigner vu verännerte Positiounen a Coursen ënnerstëtzt huet. Wann d'Novas hir Uni iwwerfalen a Pandoras ënner hirer Kontroll benotze fir Zougang zum Underground Laboratoire vun der Institutioun ze kréien, gëtt hire Concours ewechgesat.
Satellizer a Kazuya ginn e puer vu West Genetics Schüler an e Laboratoire an Alaska, wou se kënne mat der Evolution Pandora (E Pandora) Aufgab hëllefen, sou datt normal Frae Stigmata Transplantatioune kréien fir Pandoras ze ginn. Wann een ënner den E Pandoras berserk geet, ginn déi aner eraus, ob d'Medikamenter an der Experimenter net geféierlech sinn, awer gemaach gi fir de Wënsch vun der Geschäftsorganisatioun wéi och vum Manager ze follegen. Beim Erkennen datt bis se verbraucht goufen, se benotze mussen, riicht d'E-Pandora Amelia Evans eng Revolt déi an e Voll op Nova Clash eskaléiert.
Kazuya léiert méi iwwer d'Links vu senger Famill mat der Nova wéi och der Pandora. Dem Kazuya säi Bopa Gengo Aoi huet dee selwechten Job fonnt, deen de Rana an de Satellizer zu engem eenzegaartegen Team mat Frae genannt Valkyries setzt. Trotzdem, wärend der ganzer Manifestatiounsaktivitéit mat personaliséierter Nova, déi Dummy ass, Wahnunge ginn vun de Pandoras erlieft, sou wéi d'Dummy Novas zu enger Legioun vun 100s Nova ginn, déi Genetik deciméieren. De Gengo begéint dëst andeems hien déi legendär Pandoras entlooss huet, déi d'Tante vu Kazuya sinn. De Chevalier Effort fir de Gengo ëmzebréngen mat e puer Veruerteelter genannt Busters, wann e puer vun de legendäre Pandoras an déidlech Novas änneren, awer d'Aufgab fällt auserneen.
